O prázdninách Harryho navštíví domácí skřítek Dobby. Varuje ho, že se nesmí vrátit do školy v Bradavicích, protože se tam chystají tajemné a nebezpečné věci. Harry Dobbymu odpoví, že se do Bradavic vrátit musí a tím Dobbyho rozčílí. Rozzlobený Dobby vzápětí použije vznášecí kouzlo, které způsobí, že dort Dursleyů spadne jejich návštěvě na hlavu. Strýc Vernon dá Harrymu domácí vězení, ale vysvobodí ho jeho kamarád Ron Weasley se svými bratry Fredem a Georgem pomocí létajícího auta. Harry pak prožije poslední týden prázdnin u Weasleyových. 1. září se s nimi vypraví na nástupiště devět a tři čtvrtě, ze kterého odjíždí vlak do školy v Bradavicích. Harry s Ronem jdou poslední, je minuta před jedenáctou, ale přepážka na nástupiště je už zavřená. Rona napadne, že by si měli půjčit očarované auto jeho otce a odletět s ním do školy. Jenže na pozemcích Bradavického hradu havarují a naletí přímo do mlátivé vrby. Jejich okázalý příjezd se jim moc nezdařil.

Po pár měsících se ve škole začínají dít zvláštní věci. Nejdříve dojde k napadení paní Norrisové, kočky školníka, potom jednoho studenta. K tomu se najde nápis na stěně: „Tajemná komnata je znovu otevřena, nepřátelé dědice, mějte se na pozoru“. Harry, Hermiona a Ron se snaží zjistit, kdo je Zmijozelův dědic a kdo útočí na žáky, protože prozatím je falešně obviněn Harry. Navíc on jako jediný slyší šeptavý hlas ze zdí hradu, který mu říká, že ho chce zabít. Svěřuje se s tím Hermioně i Ronovi, ti mu však příliš nevěří. V soubojnickém klubu, který založil profesor obrany proti černé magii Lockhart, aby se žáci naučili základním kouzlům obrany a útoku proti potenciálnímu nebezpečí, které na ně ve škole v těchto dnech stále číhá, Harry před celou školou mluví hadí řečí. Všichni z něj mají strach a myslí si, že on je Zmijozelův dědic a otevírá tajemnou komnatu. Hermiona se rozhodne, že připraví pro ně tři o vánočních prázdninách mnoholičný lektvar, který je přemění ve tři zmijozelské žáky, a potají se tak něco dozví od Draca Malfoye. Když na to dojde, Hermiona se omylem promění v kočku a musí na ošetřovnu, kluci se pro změnu od Malfoye nedozvědí nic, poněvadž on nic neví.

Před koncem školního roku dojde k dalšímu dvojnásobnému útoku, obětí je kromě jedné studentky z Havraspáru i Hermiona. Harry s Ronem ji jdou na ošetřovnu navštívit. Všimnou si, že v ruce drží malý papírek, a když ho roztáhnou, dočtou se, že pachatelem útoků je bazilišek, dávná nestvůra, obrovský had; na koho upře své oči, ten okamžitě zemře. Harry se dovtípí, že Ufňukanou Uršulu, která nyní straší v podobě ducha v dívčí umývárně bezmála už padesát let, tedy stejně dlouhou dobu, před kterou byla otevřena poprvé tajemná komnata, nejspíš zabil tento tvor. A protože nyní byla do tajemné komnaty unesena Ginny Weasleyová, Ronova mladší sestra, dojde Harry pro Lockharta, který, jak doufá, jim pomůže přemoci baziliška. Společně s Ronem zamíří do umývárny, kde Harry najde vchod do komnaty a všichni tři se tam spustí po dlouhé klouzačce. Lockhart jim dole oznámí, že nikdy v životě nedokázal nic, než paměťová kouzla a s Ronovou rozbitou hůlkou jim chce vymazat paměť, ale ta své kouzlo obrátí proti Lockhartovi a navíc se sesype hora kamení, za kterou on a Ron zůstanou uvězněni a Harry se musí vydat porazit baziliška sám. V komnatě nalezne polomrtvou Ginny a také Toma Rojvola Raddlea, který je jen pouhou vzpomínkou studenta z Bradavic. Nyní je to sám Voldemort. To Raddle donutil Ginny otevírat celou dobu komnatu a nyní chce ji i Harryho zabít. Zavolá baziliška. Harrymu na pomoc přiletí Brumbálův fénix Fawkes s moudrým kloboukem, v kterém je ukryt meč Godrika Nebelvíra. S ním Harry zabije baziliška a poté zničí i vzpomínku Toma. Všichni čtyři se zpět nahoru dostanou s pomocí Fawkese.

Harry a Ron dostávají vyznamenání za zvláštní služby škole a poté, co osvobodí Dobbyho od rodiny Malfoyových, odjíždí na prázdniny zpět domů.

Jedenáctiletý Harry Potter žije v domě č. 4 v Zobí ulici v Kvikálkově a rozhodně nejde říct, že si prožívá šťastné dětství. Bydlí u tety a strýce – pana a paní Dursleyových – a jeho život mu neznepříjemňují pouze oni, ale také jeho stejně starý bratranec Dudley. Pár dnů před Harryho jedenáctými narozeninami mu začínají chodit podivné dopisy. Strýc Vernon pozná, že jde o dopisy ze Školy čar a kouzel v Bradavicích, a protože nechce, aby se Harry dostal do kontaktu s kouzelnickým světem, všechny dopisy zabaví, vezme celou rodinu a odjede s ní na opuštěný ostrov, o němž si myslí, že tam nikdo žádnou poštu posílat nebude. V tom se ale mýlí. O půlnoci na Harryho jedenácté narozeniny – 31. července, je však znenadání navštíví klíčník a šafář v Bradavicích Hagrid a oznámí překvapenému Harrymu to, co se mu snažily sdělit dopisy – že má od září nastoupit do prestižní Školy čar a kouzel v Bradavicích. Harry se zároveň dozvídá, že je čarodějem, a také pravdu o smrti svých rodičů, kteří nezemřeli – jak si do té doby myslel, při autonehodě, ale že je zabil zlý čaroděj lord Voldemort. Postupně také zjišťuje, že je ve světě kouzelníků slavný – Voldemort se totiž snažil zabít i jeho, to se mu ale nepodařilo a Harry se tak stal prvním, kdo přežil smrtící kletbu Avada kedavra. Voldemort přitom navíc ztratil většinu své síly, čímž se světu kouzelníků značně ulevilo. Po Voldemortově pádu nastalo deset let klidu.

Ráno Harry s Hagridem navštíví hospodu Děravý kotel, kde potkají Harryho nového učitele Obrany proti černé magii profesora Quirrella a Příčnou ulici, kde si Harry vybere v Gringottově bance, která patří skřetům, peníze, zděděné po rodičích, nakoupí si školní potřeby a od Hagrida dostane sovu, kterou pojmenuje Hedvika. Setká se zde také se svým pozdějším nepřítelem, blonďatým povýšeným chlapcem Dracem Malfoyem. Prvního září na nádraží King’s Cross projde přepážkou mezi nástupišti devět a deset, čímž se dostane na nástupiště devět a tři čtvrtě, kde nasedne na Bradavický expres. Seznámí se zde se zrzavým chlapcem Ronem a s nadanou čarodějkou z mudlovské rodiny (to znamená, že její rodiče neuměli kouzlit) Hermionou. S Ronem se ihned spřátelí. Poprvé se zde setká i s Nevillem Longbottomem. Už ve vlaku si stihne znepřátelit Draca Malfoye, když odmítne jeho „pomoc“ při výběru přátel.

Ve škole jsou Harry, Ron i Hermiona Moudrým kloboukem zařazeni do koleje Nebelvír. Malfoy a jeho „kumpáni“ Crabbe i Goyle jdou do Zmijozelu. Moudrý klobouk se i u Harryho rozhodoval, do které koleje ho pošle, ale jelikož už Harry zjistil, že ze Zmijozelu vzešlo nejvíce špatných kouzelníků – mezi nimi i lord Voldemort, přesvědčí klobouk, aby ho poslal do Nebelvíru.

Už při oslavě zahájení školního roku si Harry všimne profesora Snapea, učitele s hákovitým nosem, o kterém se dovídá, že je kolejním ředitelem Zmijozelu. Později se Severus Snape stane jeho nejneoblíbenějším vyučujícím.

Poté, co Hermionu Grangerovou napadne horský troll a Harry s Ronem ji zachrání, se stane jejich nejlepší kamarádkou. Postupně se stanou nerozlučnou trojicí kamarádů (Harry, Ron a Hermiona).

Harry se také ukáže být dobrým ve famfrpálu, což je oblíbený kouzelnický sport na košťatech se čtyřmi míči. Každý tým má sedm hráčů. Tři střelce, kteří hrají s camrálem. Dále dva odražeče, kteří mají na starosti dva potlouky, které posílají proti soupeřům, brankáře, který hlídá tři obruče a nakonec chytače, kterého hraje v nebelvírském mužstvu Harry. Ten chytá Zlatonku a tím přinese svému týmu sto padesát bodů.

Na základě vlastního pátrání Harry usoudí, že se někdo snaží ukrást kámen mudrců, zázračný kámen, který dokáže vyrobit zlato a elixír života a je uložen ve škole. Jeho hlavním podezřelým je profesor Snape, ale když se s pomocí Rona a Hermiony dostane až do komnaty, kde je kámen uložen, zjistí, že jej chce ukrást nenápadný koktavý profesor Quirrell. Ten jej chce předat svému pánovi, kterým je právě vrah Harryho rodičů, lord Voldemort, který se tak snaží vrátit k moci. Harrymu se kámen nakonec podaří před Voldemortem a Quirrellem zachránit a tak návrat Voldemorta odložit.